Jenis-jenis dan persebaran fauna diIndonesia sangat terkait dengan sejarah terbentuknya daratan di Indonesia berawal pada zaman es. Pada masa itu, wilayah Indonesia bagian Barat yang disebut juga Dataran Sunda masih menyatu dengan Benua Asia, sedangkan Indonesia bagian Timur yang disebut juga Dataran Sahul menyatu dengan Benua Australia. Dataran Sunda dan Dataran Sahul juga masih berupa daratan belum dipisahkan oleh laut dan selat.
Keadaan tersebut menyebabkan keanekaan flora dan fauna di Indonesia bagian Barat seperti Jawa, Bali, Kalimantan, dan Sumatera pada umumnya menunjukkan kemiripan dengan flora di Benua Asia. Begitu pula dengan flora dan fauna di Indonesia bagian Timur seperti Irian Jaya dan pulau-pulau disekitarnya pada umumnya mempunyai kemiripan dengan flora dan fauna di benua Australia. Jadi, Indonesia pada masa itu menjadi jembatan penghubung persebaran hewan dari Asia dan Australia.
Kemudian, pada akhir zaman es, suhu permukaan bumi naik sehingga permukaan air laut naik kembali. Naiknya permukaan air laut mengakibatkan Jawa terpisah dengan Benua Asia, kemudian terpisah dari Kalimantan dan terakhir dari Sumatera. Selanjutnya Sumatera terpisah dari Kalimantan kemudian dari Semenanjung Malaka dan terakhir Kalimantan terpisah dari Semenanjung Malaka.
Seorang berkebangsaan Inggris bernama Wallace mengadakan penelitian mengenai penyebaran hewan bagian Barat dengan hewan di Indonesia bagian Timur. Batasnya di mulai dari Selat Lombok sampai ke Selat Makasar. Oleh sebab itu, garis batasnya dinamakan garis Wallace. Batas ini bersamaan pula dengan batas penyebaran binatang dan tumbuhan dari Asia ke Indonesia. Di samping itu seorang peneliti berkebangsaan Jerman bernama Weber, berdasarkan penelitiannya tentang penyebaran fauna di Indonesia, menetapkan batas penyebaran hewan dari Australia ke Indonesia bagian Timur. Garis batas tersebut dinamakan garis Weber. Sedangkan daerah di antara dataran Sunda dan dataran Sahul oleh para ahli biografi disebut daerah Wallace atau daerah Peralihan. Mengapa disebut daerah Peralihan? Karena di daerah ini terdapat beberapa jenis hewan Asia dan Australia, jadi merupakan daerah transisi antara dataran Sunda dan dataran Sahul.
Sebaran Flora di Indonesia
Flora adalah dunia tumbuh-tumbuhan. Jenis tumbuh-tumbuhan yang ada pada suatu wilayah belum tentu terdapat pada wilayah lain. Indonesia berada di kawasan sekitar katulistiwa, dengan demikian ditinjau dari iklimnya, termasuk iklim tropis.
Flora di Indonesia dapat dibagi menjadi tiga tipe, yaitu hutan hujan tropis, hutan musim, dan hutan sabana tropik. Hutan hujan tropis hidup sepanjang tahun, hutan musim dedaunan rontok pada musim kemarau, sedangkan hutan sabana tropik berupa rerumputan dan semak belukar. Hutan hujan tropis tersebar di Sumatera, Kalimantan dan Irian atau Papua. Hutan musim banyak tersebar di Jawa bagian timur, Sulawesi dan Nusa Tenggara. Hutan sabana tropik hanya ada di sebagian kecil wilayah Nusa Tenggara, antara lain di Pulau Sumba dan Pulau Timor.
a. Flora Asiatis
Flora Asiatis terdapat di Pulau Sumatera, Kalimantan, Jawa dan Bali. Flora ini terdiri atas:
1) hutan bakau (mangrove) dan rawa gambut di bagian timur Sumatera
2) meranti, rotan, rawa gambut, rawa air tawar di bagian barat Sumatera.
b. Flora Australis
Flora Australis terdapat di Papua dan pulau-pulau sekitarnya. Flora Australis terdiri atas:
1) hutan hujan tropis yang berupa pepohonan tinggi dan lebat;
2) hutan sagu dan nipah;
3) hutan lumut, pada dataran tinggi atau pegunungan.
Sebaran Fauna di Indonesia
a. Fauna Asiatis
Fauna di wilayah Indonesia bagian barat banyak menyerupai daratan Asia. Persebaran fauna di Indonesia bagian barat, yaitu dari wilayah Sumatera, Jawa, Bali, Kalimantan hingga Selat Makasar dan Selat Lombok. Fauna di daerah bagian barat ini terdapat banyak binatang menyusui dengan ciri jenis hewan besar.
b. Fauna Australis
Fauna Australis banyak terdapat di wilayah Indonesia bagian timur, berupa burung, dan jenis binatang berkantung.
c. Flora dan Fauna Peralihan
Tumbuhan di daerah pantai hampir sama dengan tumbuhan di Papua, sedangkan yang ada pada daerah pegunungan mirip dengan yang ada di Kalimantan.
Sebagaimana flora, fauna di wilayah peralihan ini berjenis Asiatis dan Australis. Contohnya antara lain anoa, babi rusa, burung maleo, bengkarung dan komodo.
